呼吸器官问题
根据统计，体重低于1000公克的早产儿，约有一半以上需要靠呼吸器维持呼吸，陈桢瑞医师指出，这是因为肺泡的第二型上皮细胞，要在怀孕34周后才会开始分泌肺泡张力素，肺泡张力素是胎儿出生后，让肺泡能像气球般扩张交换气体的重要物质，一般34周前的早产儿因为缺乏此张力素，容易出现新生儿呼吸窘迫症候群，在治疗上便需要插气管内管，给予高浓度氧气正压呼吸。
另外，早产儿也因为脑部的发育尚未成熟，常常发生呼吸暂停的现象。此时需要外在的剌激才会回复自发性的呼吸，一般会视病情需要用药物或是高浓度氧气正压呼吸的方法来治疗。陈桢瑞医师提醒，长时间使用高浓度氧气正压呼吸治疗，可能存有某些潜在的危机，如：压力造成肺实质纤维化病变、气胸、肺部感染；还有因为使用氧气浓度过高，其氧分子的毒性也易引起视网膜病变、剥离或出血而影响宝宝未来视力。
心脏问题
正常胎儿的动脉导管在出生前需保持开放，以维持主动脉到肺动脉间的血流，一般足月生产的新生儿在出生后会自行关闭这条通路，但早产儿动脉导管持续开放的机会较大，容易引起肠胃道缺氧、肺部高压，甚至引起心脏衰竭等并发症，此时必须要用药物或开刀的方法来使其关闭。
皮肤问题
早产儿的皮肤比起足月儿来得薄又不成熟，很容易遭受到细菌的入侵，也因皮肤的表面积大，容易由皮肤丧失过多的水分及体温，再加上早产儿体内贮存的肝糖不够，无法在身体需要时提供足够的热量，因此早产儿常容易出现体温偏低的现象。
